Marvel’s Avengers débute lors de l'A-Day, où Captain America, Iron Man, Hulk, Black Widow et Thor célèbrent l'inauguration d'un nouveau quartier général des Avengers à San Francisco. Cependant, la journée vire au cauchemar lorsqu'un mystérieux ennemi provoque une catastrophe, entraînant la destruction d'une grande partie de la ville. Les Avengers sont considérés comme responsables de la tragédie et se séparent.

Cinq ans plus tard, alors que les super-héros sont devenus hors-la-loi et que le monde fait face à une terrible menace, une nouvelle aventure débute lorsqu'une jeune femme déterminée du nom de Kamala Khan décide de reformer les Avengers afin de mettre un terme à la nouvelle force secrète connue sous le nom d'AIM.